IIstoria Institutului începe cu anul 1949, când a fost fondată Secţia de Geologie din cadrul Filialei Moldoveneşti a Academiei de Ştiinte a fostei URSS, care s-a preocupat de studierea structurii geologice şi a resurselor minerale utile ale Republicii Moldova. În 1954, în cadrul acestei filiale a fost creată staţia seismică de bază "Chişinau", care a început investigarea regimului seismic al cutremurelor Carpatiene.
În a.1958 Secţia de Geologie din cadrul Academiei de Ştiinte a fostei URSS, a fost reorganizată în Institutul de Geologie şi Resurse Minerale.
În a. 1967 în baza Institutului de Geologie si Resurse Minerale şi a staţiei seismice de bază "Chişinau", a fost fondat Institutul de Geofizică şi Geologie al Academiei de Ştiinte, care a fost condus de N. BURGHELEA, doctor în geologie, iar din a. 1970 – de către academicianul, doctor habilitat în ştiinţe geologice şi mineralogice Anatol DRUMEA. Din a. 2002 și până în 2016, institutul a fost condus de către dl Dr hab. în științe fizico – matematice, Vasile ALCAZ. Conform Hotărârii Guvernului Nr. 1406 din 14.12.2005 Centrul de Monitorizare Seismică a fost transmis Institutului de Geofizică și Geologie (așa se numea pe atunci). Deasemenea, Conform aceleiaşi hotărâri, Institutul de Geofizică şi Geologie a fost reorganizat în Institutul de Geologie şi Seismologie al AŞM. Actualmente, Institutul de Geologie şi Seismologie activează sub conducerea d-lui Igor NICOARA, doctor în științe geologice și mineralogice.
La momentul creării în Institut activau 35 de colaboratori, inclusiv 3 dr. habilitati şi 6 doctori în ştiintă. În prezent, în cadrul Institutului activează 78 de persoane, inclusiv 33 cercetători stiinţifici, dintre care 3 doctori habilitati, 12 doctori în ştiintă, ingineri şi tehnicieni. Institutul are în componenţa sa 3 laboratoare şi un Centru de monitorizare seismică.
