Istoria Institutului incepe cu anul 1949, când a fost fondata Secţia Geologie in cadrul Filialei Moldoveneşti a Academiei de Ştiinte a fostei URSS, care s-a preocupat cu studierea structurii geologice şi a resursele minerale ale Republicii Moldova. In 1954 in cadrul acestei filiale a fost creată staţia seismică de baza "Chişinau", care a inceput investigarea regimului seismic al cutremurelor Carpatiene.

În 1958 Secţia de Geologie din cadrul Academiei de Ştiinte al fostei URSS, a fost reorganizata în Institutul de Geologie şi Resurse Minerale.

În 1967 în baza Institutului de Geologie si Resurse Minerale şi a staţiei seismice de baza "Chişinau", a fost fondat Institutul de Geofizică şi Geologie al Academiei de Ştiinte, care a fost condus de N. Burghelea, doctor in geologie iar din 1970 de catre academicianul, doctor habilitat în ştiinţe geologice şi mineralogice A. V. Drumea. În perioada anilor 2002-2016 Institutul de Geologie şi Seismologie a activat sub conducerea d-lui Vasile ALCAZ, doctor habilitat in geofizică. Conform Hotărârii Guvernului Nr1406 din 14.12.2005  Centrul Seismologie Experimentală a fost transmis Institutului de Geofizica si Geologie. Începând cu anul 2016 Institutul de Geologie și Seismologie activează sub conducerea D-lui Igor NICOARA, doctor în geologie. Începând cu anul 2018 IGS cum și alte instituții de cercetare au trecut din subordonarea Academiei de Științe în subordonarea Ministerului Educației, Culturii și Cercetării (succesor Ministerul Educației și Cercetării), care la moment este fondatorul Institutului.

Începând cu anul 2023 Institutul de Geologie și Seismologie a devenit subdiviziune a Universitații de Stat din Moldova.